Siempre es posible empadronarse en la residencia efectiva dentro del término municipal, todo ello con independencia de la situación legal de dicha construcción.
Le recomiendo la lectura de los siguientes artículos donde tratamos este tema:
Empadronamiento en edificación ilegal en suelo no urbanizable
Empadronarse en una vivienda ilegal prescrita o declarada fuera de ordenación
